12 évvel ezelőtt a Kilencfarkú Rókadémon (Kyuubi) tartotta rettegésben
Konohagakure (Rejtett levél) faluját. A démon olyan erős volt, hogy
farkának egyetlen suhintásával hegyeket tudott eltüntetni vagy szökőárt
előidézni. A szörny rengeteg embert mészárolt le, amíg a Negyedik
Hokagenak, saját életét feláldozva, sikerült elzárnia őt újszülött fia
Uzumaki Naruto testébe. A Negyedik Hokagét (Yondaime Hokage) hősként
ünnepelték a Kyuubi, a rókadémon elzárásáért. Ő azt szerette volna,
hogy Naruto is ugyanebben a megtiszteltetésben nőjön fel, mint a kilenc
farkú ?tárolója?. Az emberek azonban magát a démont látták a fiúban,
ezért féltek tőle és kiközösítették. A Harmadik Hokage megtiltotta a
falu lakóinak, hogy beszéljenek arról, amit tudnak. Még a saját
gyerekeiknek sem mondhatták el a 12 évvel ezelőtt történteket, de
szüleik Naruto felé tanusított viselkedésükből az ifjabbak is elkezdtek
ellenségesen viselkedni a fiúval. Naruto így barátok, család és
elismerés nélkül nőtt fel. Nem erőltethette azt, hogy az emberek
barátkozannak vele, így más módon igyekezett magára vonni a figyelmet.
Ezt csínytevésekkel, bajkeveréssel próbálta elérni. Ez megváltozott,
amikor hivatalosan is nindzsa lett. Ezt a többszörös árnyékklón
technika (Tajuu Kage Bunshin no Jutsu) alkalmazásával érte el, amikor
megmentette mesterét, Umino Irukat az áruló nindzsa Mizuki karmaiból. A
kaland során két dologra ébredt rá Naruto: az egyik, hogy a kilenc
farkú rókadémon benne lakozik; a másik pedig, hogy voltak akik törődtek
vele (Iruka és a Harmadik Hokage). Naruto nindzsává (geninné) válása
indítja el az események folyamát. A történet folyamán megismerhetjük
Narutot és barátait. Nyomon követhetjük személyiségük, valamint
nindzsa-képességeik fejlődését, életük alakulását amelyet egymásra tett
hatásuk és múltjuk egyaránt befolyásol. Naruto két társra, és egyben
barátra talál Haruno Sakura és Uchiha Sasuke személyében, akikkel egy
három fős csapatot alkotnak a tapasztalt mester (jounin) Hatake Kakasi
vezetése alatt. Kalandjaik során megismerik a környező falvakat és azok
lakosait, egyre szorosabb szálak fűzik őket egymáshoz és nem utolsó
sorban új képességekre tesznek szert. Az idő múlásával Naruto egyre
közelebb kerül ahhoz, hogy álma teljesülön: ő legyen a Hokage Konoha
falvában. A Naruto-ban lényeges szerepet játszik a személyiségek
fejlődése, amely befolyásolja a cselekmény alakulását. Elsősorban a
7-es számú csapat tagjaira, Narutora, Sakurára és Sasukéra fekteti a
hangsúlyt, de ugyanúgy megfigyelhetőek a változások Kakashi, Jiraiya,
Tsunade, valamint a más csapatokban lévő, illetve más falvakban élők
viselkedésében. Mellettük természetesen negatív szereplőket is
megismerhetünk, úgy mint Momocsi Zabuza, a kirigakure-i (Rejtett
Köd-falubeli) elveszett nindzsa és társa, Haku. Később a Chuunin
vizsgák során megismerhetjük Orochimarut, aki egy S-osztályba tartozó
elveszett nindzsa Konohából. A történet folyamán feltűnik az Akatsuki
nevű társaság, akiknek egyik célja a Narutoban lakó Kilencfarkú
Rókadémon (Kyuubi) megszerzése.